「イベントシーンダイジェスト」では最終ボスも含めて主だったストーリーを最後まで紹介しています（細かな謎解きについては割愛しています）。『ファンタシースター』をプレイしたことがなく、プレイステーション２版『ファンタシースター（仮）』の購入を検討されている方はご注意ください。

		ルツの助言により、天才科学者「ルベノ博士」を牢獄から救出したアリサは、アルゴル太陽系を自由に行き来することのできる宇宙船「ルベノ号」と操縦ロボット「ハプスビー」を手に入れた。 ルベノ号でパルマ星に戻ったアリサ達は、辺境の村で奇妙な実験を行なうマッドドクターを倒す。マッドドクターはモタビアでミャウを助けるために手放した「ラコニアンポッド」を持っていた。 途中の街でアリサは「ジャコウネコはある木の実を食べると、大きくなって空を飛べるようになる」という噂を聞くが、さっぱり見当もつかない。 デゾリス星のコロナの塔に住む先住民族デゾリアンに、道中ドラゴンとの戦いで入手した宝石「カーバンクルアイ」を、百年に一度の日蝕の日につけた神聖なる炎「イクリプストーチ」に交換してもらう。 デゾリスの厚い氷の壁を砕きながら走ることのできる乗り物「アイスデッカー」を購入したアリサは、ラエルマツリーが生えているアルチプラノ高原に辿り着く。 寒さで凍りついたラエルマツリーをイクリプストーチで暖め、アリサは一粒の木の実「ラエルマベリー」をそっとラコニアンポッドのなかに保存する。

		ラシークの居城「エアキャッスル」の真の姿を見ることができる「エアロプリズム」を入手したアリサであったが、天空高くそびえるエアキャッスルにたどり着くための手段がない。 そこで以前耳にした噂を信じて、不思議な木の実「ラエルマベリー」をミャウに与えてみると、みるみるミャウの姿が変化して大きな翼が生えてくる！ ミャウは得意そうにひとつ羽ばたいてみせると、その背にアリサたちを乗せてエアキャッスルを目指す。 行く手をエアキャッスルの門番「ゴールドドレイク」に阻まれるが、これを撃破してエアキャッスルのラシークの館に乗り込むことに成功する。 かつては民想いであったパルマの王・ラシークも、邪教に取り憑かれ、永遠の命と引き替えにアルゴル太陽系に混乱をもたらしてしまった…。ラシークの館では、目の前に現れたラシークをあっけなく倒すことに成功するが、どうやらそれは影武者だったようだ。 館の奥にいる本物のラシークは強力なマジックを使いこなすが、長い冒険のなかで成長を遂げたアリサにとってはそれを打ち破ることは決して難しいことではなかった。そしてついにラシークを倒した！

		兄の仇を討ち、再びアルゴルに平和を取り戻したアリサは、その報告のためモタビア総督の館に来ていた。しかし、なにか様子がおかしい。 突然、ダンジョンへと落とされたアリサは、禍々しい気配を感じ奥へと進んでいく。 その気配の正体は1000年ごとに甦るという邪神「ダークファルス」だった。ダークファルスは総督の心の隙に入り込んでいたのだ。 死闘の末、アリサ、ミャウ、タイロン、ルツが力を合わせてダークファルスを倒すと、次第に空が明るくなっていく。そして正気を取り戻した総督の口から衝撃的な真実が語られる。 「アリサよ。実はお前の父はアルゴルの王だった。父の後を継ぎ、アルゴルの女王となるか？」 …アリサは力強くうなずいた。