「イベントシーンダイジェスト」では最終ボスも含めて主だったストーリーを最後まで紹介しています（細かな謎解きについては割愛しています）。『ファンタシースター』をプレイしたことがなく、プレイステーション２版『ファンタシースター（仮）』の購入を検討されている方はご注意ください。

		ＡＷ３４２年、春。アルゴル太陽系第一惑星パルマは国王ラシークのもとに繁栄を極めていた。しかし突如各惑星のいたるところに異形のモンスターが現れ、人々の暮らしを脅かし始めたのである。 パルマ星の中心都市カミニート居住区でスペースポートの荷揚げ作業員をしていた青年ネロはいち早くこの異常に気付き、独りラシークの身辺を探っていたが、逆にロボットポリスに捕まりボロ布のように扱われ路上に放り出されてしまう。 駆けつけた妹のアリサが瀕死のネロから聞くことができたのは、「ラシークがこの星に巨大な災いを招いてしまった」ということだけ。 アリサは兄が身につけていたショートソードを胸に抱き、ラシークを倒すことを誓うのであった。

		街の人々から情報を集め、スペースポートからシャトルに乗ってモタビア星へ渡ったアリサは、店で売られている言葉を話す珍しい動物「ミャウ」に出会う。 ミャウは「タイロン」という戦士と行動を共にしていたが、その戦士はメデューサによって石にされてしまったという。 カミニート居住区で兄の形見として渡された「ラコニアンポッド」と引き換えに助けたミャウと共にメデューサの洞窟に向かったアリサは、洞窟の奥で石にされていたタイロンを助ける。 こうしてラシークを倒す旅の仲間に、ミャウと戦士タイロンが加わった。

		「ラシークと仲が悪いモタビア星の総督ならば力を貸してくれるに違いない」と考えたアリサはモタビア総督の館へ向かうが、手ぶらでは警備ロボットが通してはくれなかった。 そこで総督の大好物である「あまいもの」を洞窟の奥深くにある店で購入し、館に向かうのであった。 総督に会うことができ、大魔法使い「ルツ」の存在を知ることとなったアリサたち一行は、ルツが修行しているというマハルの洞窟へと向かう。 ルツは総督からの手紙を読むと、アリサと一緒にラシークと戦う決意をするのであった。 ｢皆でこのアルゴル太陽系を悪の手から守りましょう。｣