ジョー・ムサシは朧流忍者である。１０年、いや１００年に１度の逸材であり、朧流の体術・忍術を、普通の半分の年月で身につけたという。 犯罪シンジケート“ＺＥＥＤ”を破滅させたムサシは、生まれ育った忍びの里を離れ、修行の旅に出ていた。３年後、“ＺＥＥＤ”の残党が、新たな犯罪組織“ＮＥＯ ＺＥＥＤ”を結成し、忍びの里を襲い最愛の許婚・ナオコをさらっていったことを知り、再び立ち上がる。 師匠は、かつて孤児だったムサシを引き取り、親代わりとなりムサシを一人前の忍者に育て上げる。ナオコはムサシと将来を誓った許婚だが、“ＺＥＥＤ”を破滅させたムサシはナオコを師匠のもとに残しさらなる修行の旅に出る。 師匠とともに忍びの里でムサシの身を案じていたナオコであったが、忍びの里が“ＮＥＯ ＺＥＥＤ”に襲われた際にナオコは連れ去られ、傷を負った師匠は駆けつけたムサシにナオコのことを告げ、息を引き取った。 ムサシによって破滅させられた犯罪シンジケート“ＺＥＥＤ”の残党が、さらなる野望と復讐心をいだいて結成した悪の組織。その勢力はかつての“ＺＥＥＤ”をはるかに凌ぐ。 マスクド忍者を統領とし、「ＮＥＯ ＺＥＥＤ科学陣」「忍者軍団」「Ｚ・Ｄ・Ｆ」「華龍一族」で構成されている。 師匠が残した密書により明らかになった、ＮＥＯ ＺＥＥＤ組織図 いずれ劣らぬ精鋭ぞろい。“ＮＥＯ ＺＥＥＤ”の中心的存在だ。忍道の暗黒面を極めている！　中でも、堅牢な鎧に身を包むロブスター軍団は凶悪である。 世界各地で武器を売買する死の商人たちの協力のもと、最高の武器で武装した、私設軍隊である。 世界の中華街を牛耳るシンジケート。今は“ＮＥＯ ＺＥＥＤ”と手を組み、影の支配力を強めている。彼らの体術は洗練され、優美ささえ感じさせる。素手にして刃をも大きく越えた破壊力を持つという。 現代科学、古代呪術、超常現象。暗黒の力を駆使し、恐るべき超兵器軍団を造り上げた原動力！　恐怖の生体コンピュータ、改造人間、古代怪獣……。暗黒に魂を売り渡した魔の科学力に、不可能はないのか？ 犯罪組織“ＮＥＯ ＺＥＥＤ”の最高幹部。ムサシへの復讐に燃え、忍びの里を襲い、連れ去ったナオコを要塞島に幽閉する。長い髪が最強で最大の武器。 ダメージを受けると、その長い髪を振り飛ばして猛攻撃をかけてくる。避けられるか、ムサシ！

		ムサシと“ＮＥＯ ＺＥＥＤ”の生死を賭けた闘いの舞台は全部で８ラウンド。 おぬしはムサシとなって、最愛の許婚・ナオコを悪の手から救う旅に出かけるのじゃ！ （以下、各ラウンドの説明は取扱説明書より抜粋）

		ここはとある山奥。ムサシを育てた朧流忍の里である。“ＮＥＯ ＺＥＥＤ”の攻撃によって荒れ放題になっている。忍者屋敷も占拠されてしまった。ムサシ、ブルーロブスターをやっつけて忍者屋敷を取り戻すのだ！ 敵を追いかけ、敵を討て、ムサシ！　立ちはだかる大瀑布を越え、街にあるアジトへ！　ディスコに偽造されたアジトで、シャドウダンサーをやっつけろ。 逃げる敵を追いかけ飛行場へ。飛び立つＺ・Ｄ・Ｆの輸送機を乗っ取り、生体コンピュータをやっつけろ！　海の向こうの“ＮＥＯ ＺＥＥＤ”本拠地へ単身で乗り込むのだ！ 着陸した飛行場のそばにあるのは、スクラップ置き場？　いや、“ＮＥＯ ＺＥＥＤ”科学陣の兵器工場か……？　悪の科学者たちに正義の鉄槌を下すのだ、ムサシ！ 近代的なビルが並ぶ大都市。“ＮＥＯ ＺＥＥＤ”の魔手は一見清潔な都市にまでも及んでいるのだ。行け、ムサシ！　ナオコをさらっていった奴らを追って、どこまでも！ ここは、チャイナタウン。今は“ＮＥＯ ＺＥＥＤ”と手を組む中華街の影の支配者、華龍一族の縄張りである。彼らは“ＮＥＯ ＺＥＥＤ”内での主導権を握ろうと、ムサシに総力をあげて挑んでくる……。本場仕込みのクンフーは、ムサシに大きな脅威となって襲いかかる！ 倒すべき敵の総統の本拠地、救出すべきナオコが捕らわれている場所は、ここではない！　沖に見える島が秘密基地だという。敵の巨大船艦を奪い、要塞島に乗り込むしか、残された道はない。“ＮＥＯ ＺＥＥＤ”軍港から、巨大船艦を奪え、ムサシ！ とうとう敵の本拠地・要塞島に上陸した。マスクド忍者を倒し、“ＮＥＯ ＺＥＥＤ”を破滅させ、今こそ師匠の無念を晴らせ！　許婚・ナオコを魔手から救い出すのだ！ エンディングは、吊り天井が降りきる前にマスクド忍者を倒しナオコを無事救出できた場合と、マスクド忍者は倒したがナオコを救出することができなかった場合の２種類ある。